La autoridad estatal realizó una auditoría sobre el ISR y el IVA, actuando como autoridad federal por virtud de un convenio de colaboración administrativa. En el transcurso de la revisión se notificaron al contribuyente observaciones provisionales, que esencialmente consistieron en la supuesta existencia de ingresos no declarados, revelados como resultado de una compulsa que la misma autoridad practicó sobre la contabilidad de la empresa administradora del hospital.
Por su parte, el empresario constructor trató de refutar las observaciones de la autoridad ofreciendo documentación contable adicional a la que se le había solicitado la auditoría. La autoridad valoró esa documentación al momento de dictar su resolución definitiva, pero únicamente la usó para agregar casi 4 millones de pesos adicionales a los ingresos no declarados por el contribuyente. La autoridad justificó esta manea de actuar en el hecho de que, supuestamente, la nueva información ponía en entredicho que ciertos depósitos bancarios fueran préstamos y no ingresos, como sostuvieron en todo momento tanto el empresario constructor como el hospital que le hizo esos depósitos.
En el juicio de nulidad se comprobó que la autoridad extendió ilegalmente el alcance de su revisión, puesto que añadió hechos novedosos a los que ya había comunicado al contribuyente como observaciones provisionales.
El Tribunal compartió esta postura, porque la autoridad dispuso de un plazo de doce meses para realizar la auditoría y dentro de ese plazo pudo solicitar cualquier información que le pareciera relevante, ya fuera al contribuyente, al hospital o a los bancos que manejaban sus cuentas. Sin embargo, comunicarle hechos nuevos al contribuyente hasta el momento de notificarle la resolución en la cual se le liquidó el crédito fiscal le quitó la oportunidad de rebatirlos durante el procedimiento y violó gravemente su derecho a la seguridad jurídica. Por eso, el Tribunal declaró la nulidad de la resolución y liberó al contribuyente del crédito fiscal.
